С 4 июля 1941 года в соответствии с постановлением СНК СССР введена обязательная подготовка к противовоздушной и противохимической обороне. Уход с работы сотрудников по окончании служебного времени запрещался без ведома начальника объекта или лиц, ответственных за определенные участки работы. Организованы группы самозащиты, созданы резервные группы с обязательным дежурством на дому для немедленного выезда по сопровождению трудэшелонов. Врачи и медсестры резерва в дни своих дежурств должны были подготовлены к отъезду, инструкции по медицинскому обслуживанию трудэшелоно вложены в выданные им мед.сумки.

С 1 июля 1941 года сотрудникам Института начали выдавать продовольственные карточки. С июля введена трудовая повинность: в свободное от основной работы время сотрудники использовались на различных оборонных работах. Неявившиеся  на работы строго наказывались.

В разряд нарушений трудовой дисциплины относили и нарушение порядка питания сотрудников в Институте. Порядок питания в столовой был установлен следующий: отпуск обедов производился по расписанию для каждого подразделения. Отпускался только один обед из 2 блюд непосредственно работающему в Институте, персонально, но не через других лиц. Нарушение порядка расценивалось как злостное нарушение трудовой дисциплины со всеми последствиями.

Продовольственные карточки поступающих на лечение в Институт детей и взрослых сдавались в приемном покое для вырезки талонов из них за время пребывания на стационарном лечении.

В сентябре 1941 г. в Институте развернуто травматологическое отделение, заведующей назначена Гертруда Эрнестовна Аль. Оплата заведующего отделением шла за счет работы в Отделе социальной гигиены, а не дополнительно.

Был введен лимит и строгий контроль за расходованием электроэнергии. Если сотрудник не гасил свет, уходя из помещения, нарушая тем самым постановление Ленсовета об экономии электроэнергии, с него в доход государства удерживали из зарплаты 10%.

В октябре 1941 года закрывается химиотерапевтическая лаборатория, свертываются экспериментальные работы. Все научные работы и материалы по научной тематике, числящиеся за сотрудником, при отъезде или мобилизации в армию сдавались ученому секретарю.

1 декабря 1941 года директор Института М.Я.Видуцкий эвакуирован для лечения. Директором была назначена Софья Марковна Коломойцева, проработавшая на этом посту до конца войны.

Весь блокадный период для сотрудников работала столовая, что позволило максимально сохранить людей. За время блокады умерли 23 человека. Много младшего персонала уволено из-за длительной болезни. Судьба их неизвестна.

В декабре 1942 г. всем сотрудникам сделана противобрюшнотифозная прививка. Люди принимались на работу и увольнялись, некоторые получали краткосрочные отпуска, по-прежнему строго наказывались нарушения дисциплины.

С 23 сентября 1942 года 34 сотрудника переведены на казарменное положение (администрация, старшие мед.сестры, мед.сестра приемного покоя, начальник штаба МПВО, бойцы химических и противопожарных звеньев). Еженедельно в фиксированный день по 1 часу все сотрудники для тренировки работали в противогазах. Зиму 1941-42 гг. части сотрудников разрешено проживать на территории Института, и только летом они вернулись в свои неотапливаемые дома.

26 апреля 1942 года,  как обычно, проведен ежегодный субботник по уборке территории, от участия в котором освобождались лишь дежурные, болеющие (с больничным листом) и инвалиды.

Туберкулезный институт в самые тяжелые годы блокады оставался центром, который не прекращал ни на один день своей практической деятельности: оперировал проф. И.Д.Аникин, работал з.д.н. проф. С.А.Рейнберг и др. Интересные работы представлены по изучению особенностей течения туберкулеза у детей и подростков. Результаты законченных исследований отражены в печатных трудах. Так, в октябре 1942 года институтом изданы сборник диссертаций «Новые данные о явлениях нарушения бронхиальной проходимости» и 2 монографии - проф. М.М.Борока «Ранее выявление начальных форм легочного туберкулеза» и проф. С.А.Рейнберга «Выявление легочного туберкулеза при помощи групповых рентгеновских исследований», которые сыграли большую роль в улучшении борьбы с туберкулезом не только в осажденном городе, но и в других территориях нашей страны. За честный и самоотверженный труд в условиях блокированного города ряд научных сотрудников и врачей награждены высокими правительственными наградами.

В приказе Наркома здравоохранения № 5 от 29 января 1943 года Ленинградский туберкулезный институт им. проф. А.Я.Штернберга отмечен как «возглавляющий и руководящий всей практической работой противотуберкулезной организации блокадного города-фронта, в сложных условиях изучающий научные проблемы военного времени». Сотрудники Института, а также ряда диспансеров, получили благодарности.

Приказом Ленгорздравотдела № 211 от 18 июля 1943 года на Институт возложены обязанности по контролю за противотуберкулезной вакцинацией новорожденных, а также по учету вакцинированных и наблюдению за ними в детских консультациях и яслях.

Не прерывалась работа по подготовке кадров для противотуберкулезной службы города: принимались врачи на рабочие места в различные отделения. В этот период в Институте имелось 7 отделений, в которых развернуто 356 коек. Из распоряжения № 85 от 24 ноября 1944 г.: «Во время блокады, в тяжелейшие периоды, еженедельные традиционные научные конференции ни разу не были отменены. Периферические врачи, часто под артобстрелом и налетами врага, собирались для совместного с сотрудниками Института обсуждения клинических и научных вопросов...».

В конце 1944 - начале 1945 годов с фронта начали возвращаться сотрудники Института: декабре 1944 года вернулся М.Л.Гольдфарб и возглавил отдел социальной гигиены. В начале 1945 года пришел в Институт Лев Абрамович Эмдин, ставший с 24 февраля 1945 года директором Института. В ноябре 1944 года вернулся М.Я Видуцкий, бывший директор Института.