С первых же послевоенных лет жизнь в Институте быстро входит в обычное русло. Приводится в порядок пострадавшее во время войны хозяйство. Нужно было восполнить библиотечный фонд, для этого при библиотеке создается в качестве совещательного органа библиотечный совет из ведущих специалистов института, на который возлагается рассмотрение производственного плана библиотеки, тематики комплектования и основных вопросов обслуживания читателей.

Из эвакуации и с фронта возвращаются прежние и приходят новые сотрудники Института. 23 июля 1945 г. в Институт ординатором 3-го отделения (хирургического) принята врач Наталья Викторовна Лункевич, ранее хирург эвакогоспиталя № 4017, с 1947 г. кандидат наук, много сделавшая для усовершенствования оперативного лечения очень тяжелой категории больных с эмпиемой плевры и позже длительное время возглавлявшая единственное в городе специализированное отделение по хирургическому лечению эмпием в туберкулезной больнице в Разливе. 8 апреля 1946 г. вернулась в Институт Валентина Васильевна Чайка на должность научного сотрудника экспериментального отдела с исполнением обязанностей ученого секретаря. 26 июня 1946 г. вернулся после демобилизации Михаил Яковлевич Бабицкий, длительное время затем возглавлявший I клиническое отделение. В аспирантуру принят Гурий Иванович Вавилин, в будущем профессор, руководитель Патоморфологического отдела и многолетний бессменный секретарь парторганизации Института. Возобновилось усовершенствование врачей-фтизиатров на рабочих местах. Только за 1946 год на рабочих местах в Институте повысили свою квалификацию 11 врачей из противотуберкулезных учреждений города. В 1949 г. на рабочее место в Институт принят Иван Акимович Якимчук, позже много лет руководивший Городским противотуберкулезным диспансером и всей противотуберкулезной службой города. В 1949 г. в клиническую ординатуру поступил Сергей Петрович Буренков, позже главный врач больницы в Разливе, а затем Министр здравоохранения СССР.

Небезынтересно отметить, что до 1955 г. обучение в клинической ординатуре продолжалось 3 года, как в аспирантуре, а затем сокращено до 2 лет.

С 24 декабря 1949 г. директором назначен Александр Данилович Семенов.

С 1950 г. Институт начинает тесно сотрудничать с кафедрой туберкулеза Военно-Морской Медицинской Академии. Создается отборочная комиссия по госпитализации больных в Институт, в которую вошли представители от ВММА, ГИДУВ'а и Института. Когда Кафедра туберкулеза ВММА была ликвидирована, многие ее сотрудники пришли работать в Институт, в том числе Василий Васильевич Пучков, впоследствии работавший заместителем директора Института по науке.

В 50-е годы совершенствуются организационные формы противотуберкулезной работы. Отработка этих форм проводилась в стенах Института, и только затем переносилась на всю противотуберкулезную сеть.

Жизнь страны, в т.ч. и научная, как в зеркале отражалась в работе Института. В начале 50-х годов так называемые «идеи Павловского учения о нервизме», не имевшие отношения к подлинным взглядам И.П.Павлова, внедрялись в практику в приказном порядке и строго контролировались.

В марте 1953 г. в связи с «Делом врачей» по решению Центральной аттестационной комиссии Минздрава РСФСР уволено 11 научных сотрудников и врачей Института. К чести руководства следует сказать, что в скором времени практически все они были приняты на работу вновь.

В 1953 г. в Институт пришел Сергей Михайлович Княжецкий, который после смерти И.А.Новикова стал главным врачом, а позже директором.

В 1956 г. Ленинградский институт туберкулеза объединен с Ленинградским институтом хирургического туберкулеза (ЛИХТ), и директором объединенного института стал директор ЛИХТа профессор Петр Георгиевич Корнев. Ввиду того, что это объединение неблагоприятно отразилось на многих сторонах деятельности институтов, оно просуществовало тогда всего два года, и с января 1958 г. после разъединения Институт на Лиговском Проспекте именуется Ленинградский Государственный научно-исследовательский институт туберкулеза. Директором вновь назначен А.Д.Семенов.

Приказом Министра здравоохранения РСФСР № 237 от 8 августа 1959 г. в целях расширения связи с практическими лечебно-профилактическими учреждениями и лучшей координации научной тематики в состав Ученого совета введены главные врачи областного и городского противотуберкулезных диспансеров и заведующий лабораторией ВИЭМ'а по приготовлению туберкулина.

С начала 1960-х годов Институт начал систематически оказывать практическую помощь ряду территорий страны. География командировок сотрудников была очень обширной: Карельская, Коми АССР, Псковская, Новгородская, Смоленская, Калининградская, Кировская, Ярославская, Ивановская, Костромская, Вологодская, Смоленская, Архангельская области Европейской части РСФСР, а также Читинская и Амурская области Сибири. Начинаются экспедиционные выезды в Ненецкий АО, а в дальнейшем и во все Северные автономные округа. Постоянная помощь продолжает оказываться противотуберкулезным учреждениям Ленинградской области.

Научная работа коллектива тесно связана с задачами практического здравоохранения не только Ленинграда и области, но и др. территорий Северо-Запада России. Особой заслугой Институт этого периода явилось введение плановости и поэтапного руководства противотуберкулезной работой практических учреждений. Институт последовательно отстаивал и проводил в жизнь принцип комплексного подхода к организации борьбы с туберкулезом. Уже в начале 60-х годов появляются работы по изучению эпидемиологии и течения туберкулеза в условиях Крайнего Севера; некоторых механизмов противотуберкулезного иммунитета; вопросов соотношения аллергии и иммунитета, специфической профилактики.

В 1963г. выходит в свет монография А.Д.Семенова «Легочный туберкулез. Очерки по патогенезу и лечению больных туберкулезом легких. Организация противотуберкулезной работы». В 1964 году институт впервые издает сборник трудов по хирургии туберкулеза легких. В этот период Институт изучает значение функциональных изменений в клинике туберкулеза легких; туберкулез в подростково-юношеском возрасте.

В 1960-е годы одним из направлений научных исследований стало изучениелювместно с Институтом вакцин и сывороток различных туберкулинов и методов их введения. Этими вопросами успешно занималась Мария Клементьевна Иващенко. Была разработана, а затем внедрена в практику по всей стране стандартная дозировка при разведении туберкулина для массовой туберкулинодиагностики - 2 ТЕ (2 туберкулиновые единицы), применяемая по настоящее время.

В эти же годы профилактикой туберкулеза у детей успешно занималась кандидат медицинских наук Эльза Азарьевна Шейнман, проработавшая в Институте 22 года. Ее перу принадлежит целый ряд публикаций по вопросам вакцинации и ревакцинации БЦЖ, эффективности различных методов введения вакцины. Ею разработана методика массовой вакцинации детей, подростков и взрослых. Показано важное значение изоляции детей из контактного окружения в поствакцинальный период.

Под руководством профессора А.М.Рабиновича изучаются изменения в строении и состоянии бронхов при туберкулезе легких в рентгенологическом отображении.

Патология бронхов интенсивно изучается и с помощью бронхоскопии, ряд исследований посвящен роли бронхоскопии в практике хирургического лечения туберкулеза легких.

Разработана хирургическая классификация туберкулеза легких, показания к оперативному лечению, тактика оперативного вмешательства на ранних сроках лечения. Разработана схема внутривенной химиогормонотерапии в предоперационной подготовке больных, методики органосохраняющих операций.

В физиотерапевтическом отделении, многие годы возглавляемом Б.М.Зарницкой, изучаются вопросы клинической физиологии, функциональной диагностики и функциональной терапии, профилактики и терапии нарушений сердечно-сосудистой системы при фтизио-хирургических вмешательствах.

В лаборатории Эльзы Соломоновны Раскиной исследовалась патологическая анатомия резецированных легких. Результаты этих исследований обобщены в ее докторской диссертации «Патолого-анатомические изменения легких и их частей».

В этот период трудились в институте такие замечательные ученые как чл. кор. АМН, проф. А.Н.Чистович, акад. АМН, з.д.н. И.С. Колесников, проф. Л.Р.Перельман, проф. В.В.Чайка, проф. Г.Э.Аль, проф. А.М.Рабинович, проф. М.М.Гольдштейн, проф. Г.И.Вавилин; опубликованы 5 монографий, 14 сборников трудов, защищены более 40 докторских и кандидатских диссертаций.

Продолжается экспедиционное обследование на туберкулез в районах Севера и Крайнего Севера, направленное на углубленное изучение вопросов эпидемиологии туберкулеза у коренных жителей и современных методов работы, направленных на снижение его заболеваемости)

С 1973 года разрешена интернатура (одногодичная специализация по туберкулезу) для окончивших медицинский институт.

С октября 1974 года при клиниках Института открыта общеобразовательная средняя школа, которая существует по настоящее время.

В 1975 году начались регулярные экспедиционные и бригадные выезды сотрудников в районы Крайнего Севера. Не прекращались регулярные кураторские выезды и в другие территории страны.

С 1977 г. функционирует специализированный совет по защите диссертаций по специальностям «фтизиатрия» и «хирургия». Кроме указанных специальностей, в совете защищаются диссертации по 10 смежным специальностям, в том числе травматологии, ортопедии, химиотерапии, антибиотикам, детской хирургии, урологии, акушерству, гинекологии, офтальмологии, лучевой диагностике, лучевой терапии, патологической анатомии, фармакологии

В конце 1983 года Ленинградский НИИ туберкулеза и Ленинградский НИИ хирургического туберкулеза вновь слились, но с этого момента начинается история уже ФБГУ Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии.