В 1859 году в деревянном доме в начале Кирочной улицы по инициативе врача К.К.Мейера была открыта больница. Позже, в начале Лиговской улицы, с одобрения городских властей для нее было воздвигнуто каменное здание Евангелической женской больницы на 80 мест, выполненное в псевдоготическом силе по проекту архитекторов Р.Б. Бернгард и О.Г.Гиппиус.

Открытие больницы состоялось 4 февраля 1873 года. После революции Евангелическая женская больница была переименована в больницу им. Воскова для легочных больных, а с 1 мая 1922 года она была переоборудована в специализированную больницу для больных легочным туберкулезом. Главным врачом больницы был назначен профессор А.Я. Штернберг, который начал заниматься туберкулезом еще в 1907 году, заведуя мужским отделением для лёгочных больных в Обуховской больнице Санкт-Петербурга.

Научно-практический туберкулезный институт (позднее Ленинградский НИИ туберкулеза) был открыт в феврале 1923 года на базе специализированной больницы им. Воскова для больных легочным туберкулезом (Лиговская ул., 2-4). Первым директором института стал проф. А.Я. Штернберг. Он положил начало научной работы института и создал в лице ближайших сотрудников школу, давшую ряд ценных работ в области клиники и экспериментальной патологии туберкулёза.

Необходимость организации института как научного и методического центра борьбы с туберкулезом была вызвана тяжелой эпидемической обстановкой: смертность от туберкулеза в Петербурге до и в первые годы после революции составляла от 300 до 500 на 100 тыс. населения.

Первоначальный штат института состоял всего из 17 врачей. В 1923 году в Институте было одно клиническое отделение на 150 коек, включающее три отдела: терапевтический, хирургический и детский. В институте был также создан отдел социальной патологии и гигиены.

В 1925 году распоряжением Губздравотдела институту передается второе клиническое отделение в Мариинской больнице на Литейном проспекте, создается патологический отдел, куда вошли патологоанатомическое, биохимическое и экспериментальное отделения. В это же время образован отдел сравнительной и социальной патологии, и учебный отдел с курсами для врачей, библиотекой, музеем и аудиторией. Тем же распоряжением Губздравотдела в распоряжение института была передана поликлиника диспансерного типа, преобразованная позже (в 1928 году) в противотуберкулезный диспансер №7.

В этот период профессором А.Я. Штернбергом предложена классификация хронического туберкулеза. Разработанная в институте и принятая на II-м Всесоюзном съезде ординаторов, она опередила исследования зарубежных европейских специалистов, которые на тот момент не имели единой классификации лёгочного туберкулеза.

Наряду с научными исследованиями институт занимался подготовкой кадров для фтизиатрической службы страны, оказывая большую практическую помощь городским противотуберкулёзным учреждениям и учреждениям других городов. В 30-е годы создаются филиалы института в диспансерах Пскова, Петрозаводска, Боровичей, в Новопетергофской туберкулезной больнице. В эти же годы расширяет свою работу экспериментальный отдел, руководимый профессором Л.Р. Перельманом. В отдел входили 4 отделения: микробиологическое, экспериментальное, биохимическое и патологоанатомическое. Также было открыто специализированное отделение фтизиохирургии на 35 коек.

В Великую отечественную войну институт оставался центром, который ни на один день не прекращал научной и практической деятельности. Весь блокадный период для сотрудников работала столовая, что позволило максимально сохранить людей на рабочих местах. В эти тяжелейшие годы Институт продолжал издавать научные труды, в институте функционировало 7 отделений, в которых было развернуто 356 коек.

С 1958 года институт на Лиговском проспекте стал называться Ленинградский Государственный научно-исследовательский институт туберкулёза.

В 60-70-е годы круг изучаемых проблем расширился. С 1960 года началось изучение туберкулеза на Крайнем Севере, а с 1972 года институт стал Головным по этой проблеме в стране. Этот период деятельности Институты получил название «Северный». В 1973 году был создан отдел «Эпидемиологии и организации противотуберкулезной помощи в районах Крайнего Севера». Институт разработал и внедрил бригадный метод обследования живущих на Крайнем Севере, как оптимальный. За 10 лет работы Института в районах Крайнего Севера были достигнуты существенные результаты в борьбе с туберкулёзом, выразившиеся в снижении всех эпидемиологических показателей, особенно среди детей и подростков.

В этот же период получили развитие лабораторные исследования по диагностике туберкулёза – микробиологические и иммунологические. Институт стал пионером в стране в изучении проблемы атипичных микобактерий. Наряду с этими исследованиями активизировалась работа по созданию новых химиопрепаратов, обладающих туберкулостатической активностью.

В октябре 1979 года директором института назначен Александр Васильевич Васильев. В этот период в институте продолжены разработка новых технологий профилактики, диагностики и лечения туберкулёза, поиск новых организационных форм оказания противотуберкулёзной помощи населению с учетом особенностей северных территорий. Проведена активная кураторская работа в 23 территориях Северо-Запада, Крайнего Севера и Дальнего Востока России.

К моменту объединения с Ленинградским НИИ хирургического туберкулёза в1983 году, Ленинградский НИИ туберкулёза был крупным научно-исследовательским и организационно-методическим центром борьбы с туберкулёзом в России, оставаясь головным по проблеме туберкулёза на Крайнем Севере.